Ano, je možno použít EoIP přesně jak píšeš, celkem běžné použití. Pro optimální výkon je žádoucí, aby spoj mezi MikrotikA a MikrotikB byl schopen přenášet MTU1542, aby data v té VLANě při zachování MTU1500 se přenášela bez fragmentace při přenosu (pokud to trasa nezvládá, tka EoIP zařídí rozsekání/složení, ale je to citelná režie navíc).
Jiná varianta je VPLS tunel, má menší režii (pro bezfragmentový přenos MTU1500 potřebuje trasu s MTU1524), ale to už vyžaduje víc opičáren v provozu mezi těma A a B mikrotiky (OSPF, LDP, MPLS) a pro jeden tunel zbytečné.
Neob to jde udělat i pomocí L2TP, PPTP, SSTP, ale to už je blbost v rámci tvé sítě...