Pokud provedeš backup / restore, tak tam certifikáty budou. Pokud děláš z RB export / import, tak se nepřenesou.
Jestli-že máš certifikát a klíč dané certifikační autority (což jsou obvkyle ty soubory ca.crt a ca.key), tak se dá bez problémů pokračovat dál. Takže když nainstlaluješ zpět OpenVPN i s tím balíčkem openssl SimpleCA, tak vygeneruj novou autoritu, pak přeplácní soubory ca.crt/key těma starýma a mělo by jít generovat certifikáty dále.