Tak to máš rozbitý routing a ne IPsec. Prvně, máš v /ip ipsec peers u definic vyplněnu i svoji Local Address odpovídající tomu wan2? Pokud ne a vyplníš, tak se ti to možná rozbije úplně a přestane jít i jedním směrem...
Jednoduchý test, když si povolíš odpověď na ping z venku a dáš odněkud ping na IP wan1 a pak i na wan2, tak ti to z wan2 odpoví nebo ne? Jde o to, aby jsi správně nastavil, že na data došlá na wan2 se má odpovídat zpět přes wan2 a ne skrz wan1, stejně tak data odcháející s IP odpovídající wan2, aby chodila přes tu wan2....
Pokud máš na wan2 třeba 2.2.2.2/24 a bránou 2.2.2.254, tak by mělo být v cfg routingu i něco jako (na wan1 třeba adresa 1.1.1.1/24 v lan a na pobočkách používáš věci z 192.168...):
/ip route rule
add dst-address=192.168.0.0/16 table=main
add dst-address=1.1.1.0/24 table=main
add dst-address=2.2.2.0/24 table=main
add action=lookup-only-in-table src-address=2.2.2.2.2 table=linka2
/ip route
add distance=1 dst-address=2.2.2.0/24 gateway=WAN2 pref-src=2.2.2.2 routing-mark=linka2
add check-gateway=ping gateway=2.2.2.254 pref-src=2.2.2.2 routing-mark=linka2
Tohle by ti mělo zaříit, aby ten IPsec odcházel přes wan2.