Do Quaggy 0.99.11 existoval patch, který přidával do OSPFv3 multi area. Jestli to pak nakonec nebylo zahrnuto, to nevím, protože jsem quaggu už dávno opustil...
Koukám, že i na wikině u Mikrotiku ukazují multiarea OSPFv3 konfiguraci, kde mají quaggu 0.99.11 a ROS3.16: http://wiki.mikrotik.com/wiki/Manual
Ale je pravda, že v OSPFv3 běhá těch rout mnoehem méně, pokud spojky mezi routery mám na link local adresách, takže není takový tlak na používání multi area konfigurace.