Právě sem si skusil dva skript po startupu a oba proběhly bez nejmenších problémů.Pokud je problém pouze u dvou skriptů po spuštění ,tak je řešení spouštět jeden a v něm:
:delay 20s
/system script run startup_script1
/system script run startup_script2
Je to nejspíše nějaký bug a aj bych ho nahlásil a nebo o něm zjistil něco víc ,ale buïto neumim hledat a nebo mikrotik žádnou BugZillu prostě nemá...